本文摘要：大伙儿在阅读者高分数参考文献时，是否不容易经常寻找像下边这种令人过目难忘的蛋白框架图。
大伙儿在阅读者高分数参考文献时，是否不容易经常寻找像下边这种令人过目难忘的蛋白框架图。像那样的：这种图全是可以用PyMOL这一手机软件保证出去的，那麼什么叫PyMOL呢？手机软件以Py＋MOL取名：“Py”答复它是由一种编程语言Python所继承出去的，“MOL”答复它是作为说明分子结构（英语为molecule）构造的手机软件。它是一个开源论坛，由WarrenLyfordDeLano编写，而且由DeLanoScientificLLC将它商业化的。
01页面解读大伙儿合上PyMOL后，不容易看到下图下图的页面这一页面分为两个对话框，上边的大家叫它外界GUI对话框（ExternalGUI）下边的一部分大家称之为Viewer对话框。Viewer对话框又分为上下二块，左侧用于说明构造图像（viewer），右侧则是一个內部GUI对话框（InternalGUI）。Viewer本身包含了一个cmd（我们可以看到左下方的PyMOL＞提示符），能够用于輸出PyMOL指令；在InternalGUI的右上方我们可以看到五个用各有不同色调区别出来的功能键，A、S、H、L、C各自答复Action、Show、Hide、Label、Color五个英语单词。
相匹配的含意我能在此前的案例中展现给大伙儿。02操作过程蛋白质文档的基础格式是PDB，以1kim这一胸腺嘧啶多肽链蛋白激酶的构造为例子和大伙儿介绍一下pdb文件是如何说明的。
载入这一文档有三种方式：在ExternalGUI中自由选择File＞Open，或是用以cmd：load得到 下边这一图像：那样的图像并没法准确地说明蛋白的二级结构，我们可以根据下列的途径让它说明得更为准确一些。网页页面S＞as＞cartoon，全部蛋白质就以α螺旋式和β拉锁的方式说明出去可是全是翠绿色。这时不容易觉得依然并没明确地分离出来，我们可以根据下边途径展开色调上的区别，网页页面C＞byss＞HelixSheetLoop，那样就可以对各有不同的二级结构展开上色。
（SS即secondarystructure）大伙儿在参考文献里看到的蛋白质构造的背景颜色一般全是白的，可是PyMOL环境变量的背景颜色是灰黑色的，大家如何把背景颜色调节为白呢？大伙儿能够尝试如下图一样作业者，在ExternalGUI的上边一部分对话框莱单内网页页面Display＞Background＞White，得到 下列图像。很有可能会寻找组成的图像锯齿状相当严重，那麼如何变化这一状况呢？我们可以尝试运用PyMOL内置的美化程序流程，对图像展开图型。
如下图作业者，网页页面右上方Draw／Ray，自由选择Ray，对图片展开图型，并能够对图像屏幕分辨率必需展开调节得到 美化后的图像（情况透明色，能够必需导入PS对图像展开更进一步编写）。假如电脑上的配置过度，大家还能够自由选择闲置不用服务器资源较少，速率变慢的Draw，得到 下图。在调节完后，能够必需展开存留图像，一般存留二种方式，一种是PNG的照片方式，一种是原来的PyMOL格式，之后能够在这个基础上再作展开修改。
本文关键词：AG官方入口
本文来源：AG官方入口-www.ksoufan.com